Como parte de las acciones de la ILCO tendientes a reducir el estigma y la discriminación que viven ciertas poblaciones en esta sociedad patriarcal, se han iniciado conversaciones y actividades conjuntas con otras organizaciones, incluido el Movimiento Costarricense de Lucha contra el VIH, en pro de tener un acercamiento a la población transgénero e intersexo de San José.

La agencia de cooperación alemana Pan para el Mundo invitó al coordinador del Proyecto de Derechos Sexuales y Derechos reproductivos, y miembro de la Comisión de Diversidades, a compartir diversas actividades  con el fin de divulgar el trabajo que la ILCO está realizando en los temas: VIH/Sida, Equidad de Género y Masculinidades.

 Tratando de ofrecer una alternativa ante el modelo asistencialista y vertical tradicionalmente asumido por la mayoría de las iglesias, y con la finalidad de acabar con el temor a lo diferente y la interpretación descontextualizada de las Sagradas Escrituras, nace la Comisión de Diversidades de la ILCO. Sus principios pretenden la reconciliación, el amor, pero nunca el juicio y la condena.

 La Iglesia Luterana Costarricense (ILCO), por medio de varias acciones pastorales y psicosociales, ha venido desarrollando alianzas con organizaciones no gubernamentales e instituciones del Estado, en pro de lograr la promoción de actitudes, actividades y proyectos que coadyuven a la visibilización y denuncia de la exclusión sufrida por grupos y personas.