Como parte de las acciones de la ILCO tendientes a reducir el estigma y la discriminación que viven ciertas poblaciones en esta sociedad patriarcal, se han iniciado conversaciones y actividades conjuntas con otras organizaciones, incluido el Movimiento Costarricense de Lucha contra el VIH, en pro de tener un acercamiento a la población transgénero e intersexo de San José.

 El objetivo de la ILCO al abordar a la población transgénero con el fin de contribuir en la construcción de una sociedad más justa e inclusiva, así como generar condiciones y contactos para aumentar las capacidades organizativas y comunicativas de esta población en pro de la defensa de los derechos y su inclusión efectiva en espacios sociales, incluidos los de índole espiritual. La ILCO pretende además, aprender y sensibilizarse como organización para trabajar la transfobia y convertirnos poco a poco en una iglesia más inclusiva. Es un hecho preocupante que generalmente la transfobia esté sostenida con discursos religiosos.
 
Hasta el momento se han desarrollados dos talleres. Uno para definir estrategias y otro como un primer acercamiento a la población transgénero. El primero el viernes 19 de octubre y el segundo el jueves 25 de octubre. Ambos en las instalaciones del ILCO.
 
De esta experiencia se ha desprendido la necesidad de unificar a la población trans en la lucha por sus derechos, en alianza con otras organizaciones, así como ofrecer espacios alternativos para asegurar que estas personas sean efectivamente escuchadas en sus necesidades, expresen sentimientos y obtengan información y destrezas para una mejor calidad de vida y en las condiciones de salud.
 
Es importante aclarar que al población trans, al igual que el resto de la sociedad tiene una gran diversidad y sus necesidades no deben ser equiparadas con las necesidades de los gays, las lesbianas y los bisexuales, por lo que sus especificidades y las formas de exclusión particulares, deben ser tomadas en cuenta para un abordaje más efectivo.