Los programas de diaconía inician de manera simultánea y de forma conjunta con la instalación de las primeras oficinas centrales de la Iglesia Luterana Costarricense en Moravia en 1990.

En esta comunidad se funda la congregación San Pedro y San Pablo, donde se realizan talleres, reuniones, servicios litúrgicos y también se brindaba hospedaje a indígenas campesinos que venían a la ciudad a realizar sus gestiones comunitarias. Además, este mismo año se establece el Consejo de Iglesias para las Emergencias y Reconstrucción (CIPER), con el objetivo de atender los impactos producidos por los desastres naturales. Este consejo queda formado por la Iglesia Evangélica Metodista, Misión Fe y Santidad Pentecostal, Iglesia Nazarena y la Iglesia Luterana.

En 1995 la congregación San Pedro y San Pablo de Moravia se traslada a la colonia Kennedy en San Sebastián, donde se trasladan las oficinas centrales y funciones administrativas. Posteriormente en el año 2000 se reabre la Congregación que mantiene el mismo nombre San Pedro y San Pablo. Aparte de las funciones administrativas propias de la iglesia. Esta congregación viene a diferenciarse de todas las demás, ya que presentaba una población de clase media, con buenos recursos económicos, sociales y académicos y con una afluencia de procedencia internacional debido a que muchos de los misioneros y voluntarios preferían asistir a los servicios litúrgicos en esta congregación.

A partir de 2006, la Iglesia Sueca empieza a enviar misioneros a la congregación, lo cual vino a fortalecer aún más la estabilidad y la sustentabilidad de la comunidad. Cabe destacar que las celebraciones litúrgicas anuales, como Semana Santa, Navidad, Día de la Reforma, así como cumpleaños, bautizos, Día de la Madre, entre otras, se ven enriquecidas con nuevas tradiciones, como la celebración sueca de Santa Lucía que se celebra el 13 de diciembre o tradiciones centroamericanas como las posadas.

Estas condiciones favorables hacen que la congregación sea sustentable y pueda dirigir sus objetivos a fines solidarios hacia los sectores rurales más vulnerables y pueblos indígenas con el fin de compartir experiencias personales y comunitarias de justicia y fraternidad. Esta situación conlleva a que las actividades locales se dirijan más a objetivos comunales, como la participación en el comité local de la colonia Kennedy, el trabajo con niñas y niños de la comunidad, la creación de grupos de jóvenes con quienes se realizan actividades artísticas de teatro, títeres, música y pintura y la conformación de un grupo de mujeres artesanas.

Además, las instalaciones de la iglesia servían como hospedaje a los jóvenes del programa de voluntariado alemán, quienes participaban activamente de las diferentes actividades de la congregación, tanto en la música como en los servicios litúrgicos e impartiendo clases de inglés. En el 2014 la congregación San Pedro y San Pablo se traslada a las oficinas centrales en Paso Ancho.